Le Pape François a approuvé les pèlerinages catholiques à Medjugorje en mai 2019, mais il n'a pas encore délibéré sur l'authenticité des prétendues apparitions mariales rapportées sur le site depuis 1981.
Son message aux jeunes réunis sur le site ne mentionnait pas les prétendues apparitions, qui ont commencé le 24 juin 1981, lorsque six enfants de Medjugorje, ville qui faisait alors partie de la Yougoslavie communiste, ont commencé à vivre des phénomènes qu'ils ont prétendu être des apparitions de la Sainte Vierge Marie.
Selon les "voyants", les apparitions contenaient un message de paix pour le monde, un appel à la conversion, à la prière et au jeûne, ainsi que certains secrets entourant des événements à venir.
Les prétendues apparitions sur le site en Bosnie-Herzégovine ont été une source de controverse et de conversion, de nombreuses personnes affluant vers la ville pour le pèlerinage et la prière, et certaines prétendent avoir vécu des miracles sur le site, tandis que d'autres affirment que les visions ne sont pas authentiques.
En janvier 2014, une commission du Vatican a conclu une enquête de près de quatre ans sur les aspects doctrinaux et disciplinaires des apparitions de Medjugorje, et a soumis un document à la Congrégation pour la doctrine de la foi.
Lorsque la congrégation aura analysé les conclusions de la commission, elle finalisera un document sur le site, qui sera soumis au Pape, qui prendra une décision finale.
Dans son message aux jeunes lors de la 31ème rencontre internationale de prière des jeunes à Medjugorje, qui a lieu du 1er au 6 août, le Pape François a déclaré "La rencontre annuelle des jeunes à Medjugorje est un temps rempli de prière, de réflexion et de rencontre fraternelle, un temps qui vous donne l'occasion de rencontrer Jésus-Christ vivant, d'une manière particulière dans la célébration de la Sainte Eucharistie, dans l'adoration du Saint Sacrement et dans le sacrement de la réconciliation".
"Il vous aide ainsi à découvrir un mode de vie différent, différent de celui offert par la culture du temporaire, selon laquelle rien ne peut être permanent, la culture qui ne connaît que le plaisir du moment présent. Dans cette atmosphère de relativisme, dans laquelle il est difficile de trouver des réponses vraies et sûres, la devise du Festival : "Venez et vous verrez" (Jean 1:39), les mots utilisés par Jésus pour s'adresser à ses disciples, sont une bénédiction. Jésus vous regarde aussi, vous invitant à venir et à rester avec lui".
Le Pape François s'est rendu en Bosnie-Herzégovine en juin 2015 mais a refusé de s'arrêter à Medjugorje. Sur le chemin du retour à Rome, il a indiqué que le processus d'enquête sur les apparitions était presque terminé.
Sur le vol de retour d'une visite au sanctuaire marial de Fatima en mai 2017, le Pape a parlé du document final de la commission de Medjugorje, parfois appelé "rapport Ruini", d'après le chef de la commission, le cardinal Camillo Ruini, qui l'a qualifié de "très, très bon" et a noté une distinction entre les premières apparitions mariales à Medjugorje et les suivantes.