Après la conquête d'Istanbul par les Ottomans en 1453, l'église a été prise pour le culte musulman, et les peintures murales et les mosaïques ont été finement recouvertes de teinture et de chaux.
En 1945, la république laïque turque a déclaré le bâtiment monument national, et d'importants travaux de restauration et de conservation ont été effectués sur les œuvres d'art de l'ancienne église avant son ouverture en tant que musée en 1958.
Comme Sainte-Sophie, le bâtiment est classé au patrimoine mondial de l'UNESCO.
En novembre 2019, le Conseil d'État, le plus haut tribunal administratif de Turquie, a décidé que la structure devait être réutilisée comme mosquée, au motif que le musée était illégal pour avoir violé la déclaration ottomane selon laquelle le bâtiment devait être utilisé pour le culte musulman.
Cet arrêt a servi de précédent à la décision controversée de la cour en juillet dernier de reconvertir l'ancienne cathédrale Sainte-Sophie, qui était un musée, en une mosquée.
Erdoğan a ordonné le 21 août que l'église Chora, un site très visité dans le quartier de Fatih à Istanbul, soit transformée en mosquée et ouverte au culte musulman.
D'autres églises-musées en Turquie, dont la Sainte-Sophie des villes de İznik et de Trabzon, moins connue, ont également été reconverties en mosquées ces dernières années.
L'historien Fabrice Monnier a déclaré au journal français Le Figaro qu'il pensait que la situation de l'église de Chora était différente de celle des autres reconversions de mosquées, en raison de la taille de ses peintures et de ses mosaïques.
"Ses magnifiques mosaïques et fresques recouvrent presque tous les murs et dômes de l'église", a-t-il déclaré. "Il serait difficile d'imaginer qu'elle puisse être reconvertie en mosquée sans les recouvrir totalement".
Les décisions de Sainte-Sophie et de Chora sont considérées comme un effort de Erdoğan pour faire appel aux électeurs musulmans après que le parti du président, l'AK, ait perdu les élections municipales d'Istanbul en 2019.
