De retour au Nigéria en 1969, il s'est engagé dans le travail humanitaire et l'accompagnement spirituel des civils dans l'État d'Oballo-Afor, Owerri, Imo.
En janvier 1966, un groupe d'officiers de l'armée nigériane a renversé le gouvernement nigérian. Selon un rapport, cela a entraîné de nombreux effusions de sang et des troubles dans le pays où le jeune père Caffrey était alors engagé dans l'enseignement et le travail missionnaire.
En juillet 1967, les troupes nigérianes ont envahi le Biafra, où la concentration de Pères du Saint-Esprit était plus élevée que partout ailleurs au Nigeria. Parmi eux se trouvait le père Caffrey qui servait alors à Obube, une localité de l'État d'Imo, dans le gouvernement local d'Owerri North.
L'explosion de violence a interrompu le travail habituel des habitants, de sorte que la saison des semailles s'est écoulée sans que les cultures ne soient semées. Inévitablement, la famine a suivi et le père Caffrey et ses assistants ont essayé de leur mieux de nourrir jusqu'à 6 000 enfants deux fois par semaine et environ 1 000 autres enfants quatre fois par semaine, dans une tentative désespérée de les maintenir en vie. Les enfants étaient prioritaires, mais des dispositions ont également été prises pour nourrir les veuves et les personnes âgées, deux groupes qui étaient également extrêmement vulnérables dans le territoire du Biafra déchiré par la guerre.
Tout ce travail de secours s'est déroulé pendant la guerre civile. Le Père Caffrey a dû prendre des mesures d'évitement à plusieurs reprises pour éviter l'attention menaçante des avions de l'armée de l'air nigériane. Un collègue irlandais, Sr. Cecilia, des Soeurs de la Présentation, était une martyre de la guerre du Biafra, tuée par balle lorsqu'une voiture dans laquelle elle voyageait a été attaquée par un avion de chasse nigérian.
En janvier 1970, la résistance de l'armée du Biafra s'est effondrée et l'armée nigériane a pris le contrôle de la partie orientale du pays. Les missionnaires vivant ou travaillant au Biafra ont été arrêtés et assignés à résidence. Parmi eux, le père Caffrey a été détenu avec 28 autres missionnaires, dont neuf religieuses et l'évêque Joseph Whelan d'Owerri.
Tous ont été accusés d'entrée illégale au Nigeria et de travail dans ce pays sans permis. Des amendes ont été infligées, mais bien que les amendes aient été payées, les missionnaires ont été maintenus en détention. Des fourgons de police sont arrivés à Port Harcourt, où ils étaient assignés à résidence, pour les emmener en prison. Les missionnaires, prêtres et religieuses, ont organisé un sit-in dans la rue pour demander leur libération, car les amendes qui leur avaient été infligées avaient été payées.
La police locale et les autorités militaires n'ont pas pu se mettre d'accord sur ce qu'il convenait de faire des missionnaires récalcitrants, mais l'impasse a finalement été résolue et ils ont tous été logés dans une prison locale. Les blocs de cellules construits à l'origine pour accueillir deux prisonniers ont été pendant les six ou sept jours suivants le foyer de groupes de dix religieux irlandais. Le père Caffrey et ses collègues ont finalement été sortis de la prison et amenés à l'aéroport local où, sur instruction de l'inspecteur général de la police, ils ont été transportés par avion à Lagos d'où ils ont été expulsés du Nigeria.
Le sort des missionnaires irlandais, qui avaient été la colonne vertébrale de l'effort de secours au Biafra, a été rapporté plus tard dans le Evening Herald du 16 février 1970 sous le titre "Jail Protest - Nuns and Priests sit in street".
Après avoir été expulsé du Nigeria en février 1970, le père Caffrey a été affecté au Kenya l'année suivante. Il a enseigné les mathématiques appliquées à l'école polytechnique de Mombasa, la deuxième ville du Kenya, jusqu'à ce qu'il prenne en charge le ministère pastoral à la fin des années 1970.
