La chambre d'hôpital du pape est située au 10e étage de la vaste polyclinique, dans une aile réservée aux urgences médicales du pape. La suite médicale du pape peut être identifiée depuis la rue par ses cinq grandes fenêtres recouvertes de stores blancs.
Il s'agit de la même pièce où Jean-Paul II a séjourné pendant plusieurs de ses traitements hospitaliers, notamment pour une opération du côlon en 1992 et son hospitalisation après avoir été abattu lors d'une tentative d'assassinat en 1981.
Jean-Paul II a été admis à l'hôpital si souvent au cours de son pontificat de plus de 25 ans qu'il a un jour qualifié Gemelli de "troisième Vatican" après la Cité du Vatican et Castel Gandolfo, la résidence d'été des papes.
Cette comparaison a suscité des spéculations quant à savoir si le pape François prononcera son discours de l'Angélus du dimanche depuis la fenêtre de l'hôpital, comme l'a fait Jean-Paul II.
Depuis le 6 juillet, le discours de l'Angélus reste le seul événement inscrit au calendrier public du pape François pour les semaines à venir. Le pape suspend traditionnellement ses audiences générales du mercredi pendant le mois de juillet.
Le porte-parole du Vatican, Matteo Bruni, a déclaré le 5 juillet que le pape devrait passer sept jours de convalescence à l'hôpital, "sauf complications".
Le 4 juillet au soir, le pape François a subi une opération de trois heures au cours de laquelle une partie de son côlon a été retirée chirurgicalement.
Une équipe médicale de dix personnes a participé à la procédure, au cours de laquelle certains médias italiens, dont le journal romain Il Messaggero, ont rapporté que des "complications" sont survenues, rendant l'opération plus invasive que la laparoscopie initialement prévue. Le Vatican n'a pas confirmé ces détails.
À 84 ans, le pape François n'a subi qu'une seule autre opération au cours de ses huit années de pontificat. La dernière opération qu'il a subie remonte à 2019, pour des cataractes.