Jean-Paul II a encouragé avec succès le dialogue avec les juifs et avec les représentants des autres religions, qu'il a plusieurs fois invités à des rencontres de prière pour la paix, notamment à Assise.
Sous sa direction, l'Église s'est préparée au troisième millénaire et a célébré le Grand Jubilé de l'an 2000, conformément aux instructions données dans la Lettre apostolique Tertio Millennio adveniente. L'Église a ensuite affronté la nouvelle époque, recevant ses instructions dans la Lettre apostolique Novo Millennio ineunte, dans laquelle il indiquait aux fidèles leur chemin futur.
Avec l'Année de la Rédemption, l'Année mariale et l'Année de l'Eucharistie, il encouragea le renouveau spirituel de l'Église.
Il a donné un élan extraordinaire aux canonisations et aux béatifications, en mettant l'accent sur d'innombrables exemples de sainteté comme stimulant pour les hommes de notre temps. Il a célébré 147 cérémonies de béatification au cours desquelles il a proclamé 1 338 bénédictions, et 51 canonisations pour un total de 482 saints. Il a fait de Thérèse de l'Enfant Jésus un Docteur de l'Eglise.
Il a considérablement élargi le collège des cardinaux, créant 231 cardinaux (plus un in pectore) dans 9 consistoires. Il convoque également six réunions plénières du Collège des cardinaux.
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Il a organisé 15 Assemblées du Synode des Évêques - six Assemblées générales ordinaires (1980, 1983, 1987, 1990, 1994 et 2001), une Assemblée générale extraordinaire (1985) et huit Assemblées spéciales (1980,1991, 1994, 1995, 1997, 1998 (2) et 1999).
Ses documents les plus importants comprennent 14 Encycliques, 15 Exhortations apostoliques, 11 Constitutions apostoliques, 45 Lettres apostoliques.
Il a promulgué le Catéchisme de l'Église catholique à la lumière de la Tradition telle qu'interprétée de manière autoritaire par le Concile Vatican II. Il a également réformé les codes de droit canonique oriental et occidental, créé de nouvelles institutions et réorganisé la Curie romaine.
En tant que médecin privé, il a également publié cinq livres de son cru : "Franchir le seuil de l'espérance" (octobre 1994), "Don et mystère, à l'occasion du cinquantième anniversaire de mon ordination sacerdotale" (novembre 1996), "Triptyque romain" méditations poétiques (mars 2003), "Levez-vous, allons" (mai 2004) et "Mémoire et identité" (février 2005).
Dans la lumière du Christ ressuscité, le 2 avril a.D. 2005, à 21h37, alors que le samedi touchait à sa fin et que le Jour du Seigneur commençait déjà, l'Octave de Pâques et le Dimanche de la Divine Miséricorde, le Pasteur bien-aimé de l'Église, Jean-Paul II, a quitté ce monde pour le Père.
De ce soir-là jusqu'au 8 avril, date des funérailles du défunt pontife, plus de trois millions de pèlerins sont venus à Rome pour rendre hommage à la dépouille mortelle du pape. Certains d'entre eux ont fait la queue jusqu'à 24 heures pour entrer dans la basilique Saint-Pierre.
Le 28 avril, le Saint-Père Benoît XVI a annoncé que la période d'attente normale de cinq ans avant d'entamer la cause de béatification et de canonisation serait supprimée pour Jean-Paul II. La cause a été officiellement ouverte par le cardinal Camillo Ruini, vicaire général du diocèse de Rome, le 28 juin 2005, et il a été béatifié le 1er mai 2011.
Le 27 avril 2014, il a été canonisé par le pape François lors d'une cérémonie sur la place Saint-Pierre.
Dans un message envoyé le 24 avril à l'Église de Pologne, le pape François a rendu grâce pour le grand "don" du nouveau saint, disant de Jean-Paul II qu'il est reconnaissant, "comme tous les membres du peuple de Dieu, pour son service infatigable, sa direction spirituelle et son extraordinaire témoignage de sainteté."