Il a commencé son ministère épiscopal en février 2010 lorsqu'il a été ordonné évêque du diocèse de Nakuru à l'âge de 41 ans.
Cet ancien élève de l'Université pontificale de la Sainte-Croix (Santa Croce), basée à Rome, où il a obtenu une licence et un doctorat en philosophie, préside actuellement le Conseil de l'Université catholique d'Afrique orientale (CUEA), l'institution de l'Association des conférences épiscopales membres d'Afrique orientale, basée au Kenya.
En décembre 2020, l'évêque kenyan a mis en garde les religieuses et religieux ainsi que les membres du clergé en Afrique contre les liens familiaux qui peuvent entraver leur engagement de toute une vie au service du peuple de Dieu.
"Parfois, nos familles peuvent être un obstacle à nos vocations si nous ne faisons pas attention, surtout sur le continent africain", a déclaré Mgr Muhatia lors de l'événement du 4 décembre 2020 dans son diocèse, au cours duquel quatre membres des Missionnaires franciscaines de Saint-Joseph (FMSJ) ont prononcé leurs vœux perpétuels.
Certains parents en Afrique considèrent les vocations à la vie religieuse comme "un travail", attendant de leurs enfants qui embrassent cette vie qu'ils les soutiennent financièrement, a observé l'évêque kenyan, et a conseillé : "Les parents doivent être initiés avant même que les sœurs fassent leur première profession. Ils doivent comprendre que leurs enfants ne vont pas prendre un emploi pour ramener un salaire à la maison. ”
"Il y a un besoin d'induction. Nous ne pouvons pas prendre les choses pour acquises parce que demain, la famille va devenir un obstacle à la vie d'un religieux", a expliqué Mgr Muhatia.
En septembre, l'évêque a fait part de son point de vue sur le synode sur lasynodalité en déclarant que si l'initiative vise spécifiquement à inclure le peuple de Dieu au niveau local dans les processus décisionnels de l'Église, elle ne se traduit pas pour autant par une forme de démocratie où les opinions seraient acceptées en dehors des structures hiérarchiques de l'Église.
"L'implication des laïcs dans la prise de décision ne signifie pas que nous plaidons pour une Église démocratique. Un processus synodal pour une Église synodale est censé se dérouler au sein d'une structure hiérarchique déjà établie de l'Église", a déclaré Mgr Muhatia lors de sa présentation virtuelle du 18 septembre, organisée par les Publications Paulines Afrique.
Dans son rôle d'évêque concierge de l'archidiocèse de Kisumu, Mgr Muhatia devrait superviser l'administration de l'archidiocèse de 4 616 kilomètres carrés, dont la population est estimée à 1 586 232 catholiques, selon les statistiques de2020.