L'évêque a été arrêté en septembre 2018 au milieu de protestations demandant une enquête de police sur l'allégation. Il a ensuite été libéré sous caution. L'évêque a été accusé en avril 2019 de viol, de sexe contre nature, de séquestration et d'intimidation criminelle.
Il a été temporairement retiré de l'administration de son diocèse peu avant son arrestation.
Les accusations de l'évêque proviennent d'une membre des Missionnaires de Jésus qui a déclaré qu'il l'avait violée lors de sa visite en mai 2014 dans son couvent à Kuravilangad, dans le Kerala. Dans une plainte de 72 pages adressée à la police, déposée en juin 2018, elle affirme que l'évêque l'a abusée sexuellement plus d'une douzaine de fois sur deux ans.
Les Missionnaires de Jésus sont basés dans le diocèse de Jullundur, et Mgr Mulakkal est son patron.
L'évêque a également affirmé que les allégations ont été faites en représailles contre lui parce qu'il a agi contre l'inconduite sexuelle de la religieuse. Il a déclaré que la religieuse aurait eu une liaison avec le mari de sa cousine.
Un témoin dans l'affaire contre l'évêque, qui est également membre des Missionnaires de Jésus, a déclaré aux enquêteurs le 9 septembre 2018 qu'entre 2015 et 2017, elle a participé à des chats vidéo sexuels avec l'évêque, après avoir subi des pressions de sa part, et qu'il l'a tripotée et embrassée le 30 avril 2017 dans un couvent de Kannur.
Cette deuxième victime présumée n'a pas souhaité porter plainte, mais des appels ont été lancés pour que la police du Kerala engage une procédure suo motu contre Mgr Mulakkal.
L'évêque a demandé en plusieurs endroits que les accusations soient rejetées avant le procès, mais en juillet 2020, la Haute Cour du Kerala a estimé qu'il y avait suffisamment de preuves pour poursuivre.
