Né à Samalut, en Égypte, en 1935, Naguib a été élevé dans une famille catholique pieuse et est entré au petit séminaire du Caire à l'âge de neuf ans.
En tant que séminariste, il a été envoyé étudier à Rome à l'Université pontificale urbaine en 1955 avant d'être ordonné prêtre dans l'Église catholique copte à l'âge de 25 ans.
Plus de 10 % des Égyptiens sont coptes, ce qui en fait la plus grande minorité chrétienne du Moyen-Orient, avec une population d'environ 10 millions de personnes. La majorité des chrétiens du pays appartiennent à l'Église copte orthodoxe.
L'Église catholique copte est l'une des 23 Églises catholiques orientales en communion avec Rome. Le pape a établi le patriarcat catholique d'Alexandrie en 1824.
Naguib est retourné à Rome pour poursuivre ses études en 1962, obtenant des licences en théologie et en Écriture sainte. Il a ensuite enseigné l'Écriture sainte au séminaire de Maadi, en Égypte, pendant plus de dix ans, avant d'être élu en 1977 évêque de Minya, une région située au sud du Caire.
Naguib a ouvert de nouvelles écoles d'éducation religieuse en Égypte et a introduit des réformes. Il a été élu patriarche d'Alexandrie des coptes en 2006 et a été le chef du synode de l'Église catholique copte.
Naguib a été le rapporteur général de l'Assemblée spéciale pour le Moyen-Orient du Synode des évêques en 2010. Benoît XVI l'a fait cardinal en novembre 2010.
Il a participé au conclave qui a élu le pape François peu après que celui-ci se soit retiré de ses fonctions de patriarche d'Alexandrie après avoir subi un accident vasculaire cérébral en 2011.
Le Collège des cardinaux est désormais composé de 119 cardinaux électeurs et de 92 cardinaux qui ne peuvent pas voter lors d'un conclave parce qu'ils sont âgés de plus de 80 ans.
La date et les détails des funérailles du cardinal Naguib n'ont pas encore été annoncés.
