Il a poursuivi : "Notre pays aujourd'hui, ce que nous sommes, notre situation, a été créé par un mauvais leadership. Nous ne pouvons pas blâmer Dieu. Ce n'est pas la volonté de Dieu."
Le Nigeria est aux prises avec une vague de violence de la part de bandes armées qui commettent fréquemment des meurtres et des enlèvements contre rançon, a rapporté BBC News en avril.
Le pays est en proie à l'insécurité depuis 2009, date à laquelle l'insurrection de Boko Haram est apparue dans le but de transformer le pays d'Afrique de l'Ouest en un État islamique.
Les membres du groupe organisent des attaques terroristes aveugles contre diverses cibles, notamment des groupes religieux et politiques, ainsi que des civils.
Mgr Ndagoso a appelé les Nigérians à faire confiance à Dieu au milieu de l'insécurité.
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"Je sais que nous tous, assis ici, sommes traumatisés ; nous avons peur ; nous sommes découragés ; nous sommes troublés. Chaque fois que vous prenez la route, votre vie saute ; votre âme est assise sur votre tête. Vous observez, vous regardez autour de vous", a déclaré l'archevêque qui a commencé son ministère épiscopal dans le diocèse de Maiduguri au Nigeria en mai 2003.
Il a ajouté : "Si vous êtes traumatisé, si vous avez peur, si vous êtes effrayé, si vous êtes choqué, si vous ne savez pas quoi faire, si vous êtes confus, vous avez raison, mais au-delà de cela, je veux que vous sachiez que Dieu, notre Dieu étant Emmanuel, il est dans tout cela."
"Nous ne sommes pas seuls. Notre Dieu ne connaît pas seulement nos souffrances et nos peines. Il souffre avec nous, il agonise avec nous, il est avec nous sur ce voyage de la route de la souffrance sur laquelle nous, Nigérians, sommes aujourd'hui", a déclaré l'Ordinaire du lieu de Kaduna.
Dans son homélie du 30 juin, l'archevêque Ndagoso a déclaré que le défunt père Borogo "a vécu une vie fructueuse".
"Même s'il est mort jeune, je peux dire qu'il a vécu une vie fructueuse. Vivre une vie fructueuse n'a rien à voir avec la durée. Cela a tout à voir avec l'intensité ou la qualité de la vie que vous vivez", a-t-il déclaré.
Le prêtre qui occupait le poste de président des prêtres catholiques de l'archidiocèse de Kaduna au moment de son décès a également "vécu une vie intense et qualitative", a déclaré Mgr Ndagoso.
"Nous ne voulions pas qu'il parte ainsi. Nous prions donc pour que le Dieu tout-puissant lui pardonne ses propres péchés et lui accorde la parole de la vie éternelle."
"Que l'âme du père Vitus et les âmes de tous les fidèles défunts, par la miséricorde de Dieu, reposent en paix", a imploré l'archevêque nigérian.
Des dizaines de prêtres et des centaines de catholiques sont descendus dans la rue pour protester contre les meurtres et les enlèvements de membres du clergé après avoir participé à l'enterrement du Père Borogo le 30 juin.
Mgr Ndagoso de Kaduna a fondu en larmes en enterrant son prêtre, le père Vitus Borogo.