Il a été temporairement en charge du siège ecclésiastique métropolitain mozambicain jusqu'en octobre 2012, date à laquelle a été consacré Mgr Claudio Dalla Zuanna, membre de la Congrégation des prêtres du Sacré-Cœur qui avait été nommé Ordinaire du lieu de l'archidiocèse de Beira en juin de la même année.
Mgr Nunes occupe la fonction d'Ordinaire du lieu de Chimoio depuis 2017.
Le prélat catholique de 54 ans a précédemment souligné le besoin de paix dans son pays natal, le Mozambique.
À l'occasion du 28e anniversaire de la signature des accords généraux de paix de Rome, Mgr Nunes a déclaré à ACI Afrique que le traité de paix signé entre le gouvernement du Mozambique et la Résistance nationale mozambicaine (RENAMO), mettant fin à la guerre civile du pays le 4 octobre 1992, devait encore porter ses fruits.
Dans l'interview du 5 octobre 2020 avec le correspondant d'ACI Afrique, l'évêque Nunes a déclaré que les Mozambicains dans différentes parties du pays continuaient à vivre dans la peur en raison de la violence prolongée.
"La paix est toujours un désir dans notre pays [...]. Nous voyons encore plusieurs signes très clairs tels que les attaques dans les régions du centre et du nord et la peur incessante qui plane sur plusieurs populations qui se trouvent dans ces zones de conflit", a déclaré Mgr Nunes.
Les dirigeants de l'Église catholique mozambicaine ont déclaré que le pays d'Afrique australe n'a pas été en mesure de conclure le processus de consolidation de la paix, qui s'est avéré être "un processus plutôt ténu et fragile".
"La preuve en est les accords ultérieurs que nous avons signés, qui pour moi, au fond, cherchent à atténuer des aspects qui n'ont pas été observés ou pas bien approfondis dans les processus passés", a déclaré Mgr Nunes.
L'archidiocèse de Maputo, où Mgr Nunes a été nommé, a été érigé en janvier 1612 en tant qu'administration apostolique du Mozambique.
Le siège métropolitain mesure 26 358 kilomètres carrés et compte une population de 1 323 000 catholiques, selon les statistiques de 2019.