L'un de ces cinq hommes - son quatrième "maître" - a été particulièrement cruel. Elle a subi les pires humiliations et mauvais traitements de sa part alors qu'elle n'avait que 13 ans environ. Il l'a fait tatouer, ce qui a nécessité 114 incisions sur sa peau. Pour éviter toute infection ultérieure, ces coupures étaient "soignées" avec du sel pendant un mois. Réfléchissant au traumatisme et aux abus qu'elle a subis, Bakhita a déclaré : "J'avais l'impression que j'allais mourir : "J'avais l'impression que j'allais mourir à tout moment, surtout lorsqu'ils m'appliquaient le sel.
En 1884, Bakhita arrive en Italie, accompagnant son cinquième "maître" et l'un de ses amis, Augusto Michieli. Michieli deviendra son sixième et dernier propriétaire, après l'avoir emmenée chez lui en tant que servante, l'esclavage étant interdit en Italie. Elle travaillait comme nounou chez les Michieli et se lia d'amitié avec l'une des filles de la famille, Minnina. Des années plus tard, toutes deux deviendront religieuses à Venise.
C'est au cours de son séjour dans la famille Michieli que Bakhita a appris à connaître Dieu et qu'elle a compris qu'"il était toujours resté dans son cœur", même dans les moments les plus douloureux, et qu'il lui avait donné la force d'endurer tant de mauvais traitements.
Le 9 janvier 1890, la sainte reçoit le baptême, la première communion et la confirmation. À partir de ce moment, elle prend le nom de "Joséphine Margaret Fortunée". Elle décide de rester en Italie, où elle se sent plus en sécurité, loin du danger d'être à nouveau réduite en esclavage, et où elle a rencontré celui qu'elle a attendu toute sa vie : Jésus de Nazareth. Avec Minnina, elle entre au noviciat de l'Institut des Sœurs de la Charité à Venise et deviendra, des années plus tard, membre de l'ordre à l'âge de 38 ans, le 7 décembre 1893.
En 1902, elle est envoyée à Venise, où elle travaille au nettoyage, à la cuisine et aux soins des pauvres. Sans rien faire d'"extraordinaire", Bakhita a gagné la réputation d'une sainte. Toujours modeste et humble, elle a gardé une foi inébranlable, faisant de sa vie quotidienne une belle offrande à Dieu.
Elle est décédée le 8 février 1947 à Schio, dans le nord de l'Italie, et des milliers de personnes ont assisté à ses funérailles.
En raison de sa spiritualité, de sa proximité avec Dieu et de sa force face à l'adversité, saint Jean-Paul II l'a qualifiée de "sœur universelle" dans l'homélie qu'il a prononcée lors de sa béatification le 17 mai 1992 : "À notre époque, où la course effrénée au pouvoir, à l'argent et à la jouissance provoque tant de méfiance, de violence et de solitude, le Seigneur nous redonne sœur Bakhita comme sœur universelle afin qu'elle nous révèle le secret du bonheur le plus vrai : les Béatitudes".
Jean-Paul II l'a également canonisée en 2000, lors du Jubilé du deuxième millénaire, en honorant le peuple africain et tous ceux qui ont souffert de l'esclavage au cours de l'histoire.
En 2007, le pape Benoît XVI a utilisé l'exemple de sainte Joséphine Bakhita dans son encyclique Spe Salvi ("Dans l'espérance, nous avons été sauvés") pour rappeler le sens de l'espérance :
"Bakhita ... n'avait connu que des propriétaires qui la méprisaient et la maltraitaient ou, au mieux, la considéraient comme une esclave utile. Maintenant, au contraire, elle a appris qu'il y avait un 'Paron' au-dessus de tous les maîtres, le Seigneur de tous les seigneurs, et que ce Seigneur est bon, la bonté en personne. Elle a appris que ce Seigneur la connaissait aussi, qu'il l'avait créée, et qu'il l'aimait. Elle aussi était aimée, et précisément par le "Paron" suprême, devant lequel tous les autres ne sont que de misérables serviteurs. Elle était connue et aimée, et elle était attendue."
